Figura Madonny umieszczona jest od zewnątrz na wschodnim szczycie Kościoła zamkowego.
Kościół to najważniejsza świątynia krzyżacka w całym państwie zakonnym w Prusach. Stanowiła centrum życia duchowego zamku. Tu sprawowano liturgię godzin, tu odprawiano nabożeństwa, tu wreszcie odbywała się cotygodniowa kapituła konwentualna.

Świątynia była bardzo bogato wyposażona w relikwie, które w najważniejsze święta wystawiano na ołtarze, a nawet wynoszono poza teren zamku, gdzie były czczone przez pielgrzymów. Z tego względu kościół zamkowy nazywany był w średniowieczu katedrą.

Świątynia ta powstała jako niewielka kaplica w końcu XIII w., wraz z powstającym wtedy skrzydłem północnym Zamku Wysokiego. Po przeniesieniu do Malborka domu głównego w 1309 r. i powiększeniem liczebności krzyżackiego konwentu kaplicę rozbudowano do dzisiejszych rozmiarów.
Jej wschodnia część została wysunięta poza bryłę Zamku Wysokiego, a pod nią wybudowano kościół św. Anny, miejsce spoczynku wielkich mistrzów. Wnętrze podwyższono, nakryto sklepieniem gwiaździstym i bogato wyposażono. Znajdowało się tu 5 ołtarzy i aż 5 zakrystii, w których przechowywano paramenty liturgiczne i księgi potrzebne do sprawowania kultu. Wówczas to wykonano dekorację malarską i architektoniczną. Miesza się ona jednak z dekoracją z późniejszego czasu funkcjonowania kościoła, pochodzącą głównie z XIX w.
Kościół zamkowy użytkowany był w okresie nowożytnym przez jezuitów, czego materialnym dowodem są resztki barokowego wyposażenia świątyni, z częścią ołtarza głównego w prezbiterium. Po przejęciu zamku przez Prusy w 1772 r. kościół stracił na znaczeniu i blasku, który przywróciła mu dopiero rekonstrukcja w końcu XIX w.
Najpoważniejsze i widoczne do dzisiaj zniszczenia przyniosła II wojna światowa. Na skutek ostrzału artyleryjskiego w 1945 r. runęła cała część wschodnia kościoła, wraz z Madonną, symbolem zamku Malborskiego.

Dzień powszedni braci rycerzy i braci kapłanów był podporządkowany ścisłym regułom. Regularne nabożeństwa, modlitwy brewiarzowe i liturgia godzin stanowiły podstawowy element ich życia duchowego. W kaplicy kapłani śpiewali chóralnie psalmy, a bracia rycerze po wielokroć odmawiali Ojcze nasz. O świcie cała wspólnota zakonna uczestniczyła w mszy świętej.

Główną świętą czczoną przez Krzyżaków była Najświętsza Maria Panna, patronka zakonu. Kultem darzono również świętą Elżbietę i świętego Jerzego. Innymi świętymi Pańskimi, zajmującymi ważne miejsce w krzyżackiej duchowości byli: święty Michał Archanioł – wódz zastępów anielskich, święty Jakub Starszy – patron rycerzy i pielgrzymów oraz święta Barbara. W Prusach rozwijał się także kult świętej – Doroty z Mątów, mistyczki, której żywot i objawienia zostały spisane na polecenie mistrza Konrada von Jungingena. W ciągu roku oprócz ważnych świąt chrześcijańskich takich jak Boże narodzenie czy Wielkanoc celebrowano również nieznane dziś święta, na przykład: „święto Odnalezienia i Podwyższenia Krzyża Świętego“, „święto Cierniowej Korony Pana Jezusa“ oraz „święto Włóczni i Gwoździ Pana“.

Od połowy XIV wieku bracia rycerze coraz bardziej zaniedbywali wszystkie powyższe obowiązki liturgiczne oraz ascetyczne praktyki – posty, chłostę na pamiątkę męki Chrystusa. Surowa dyscyplina zakonna ulegała stopniowemu rozprzężeniu, zastąpiła ją skłonność do zbytku i dworskiego splendoru. Byłoby jednak wielce niesprawiedliwe, gdybyśmy wszystkim braciom zakonnym zarzucili podwójną moralność.

Złota Brama to najcenniejszy zabytek architektoniczny na zamku. Zbudowana została w końcu XIII w. i jest reliktem pierwszej kaplicy, która w latach 1331-1344 rozbudowana została do obecnej formy kościoła. Wejście do świątyni ozdobione zostało ewangelicznym motywem Panien Roztropnych, prowadzonych przez Ecclesię (czyt,eklezję) i Nieroztropnych, których przewodniczką jest postać z opaską na oczach – Synagoga. Panny czekały na Oblubieńca, który nadszedł nocą i zastał tylko Panny roztropne. One bowiem zapewniły sobie przezornie oliwę do lamp. Druga grupa, która poszła uzupełnić zapas, Oblubieńca już nie spotkała. Wokół nich, w załomach archiwolt czai się zło tego świata, wyobrażone w postaci zwierząt, stworów mitycznych i bestii. To właśnie ze złem walczyli bracia Zakonu Niemieckiego, ponosząc często najwyższą ofiarę. Wchodzący do kościoła co 3 godziny, na godziny liturgiczne, powinni byli zadać sobie pytanie: czy na tę śmierć i spotkanie z Chrystusem- Oblubieńcem są przygotowani, czy postępują roztropnie czy nieroztropnie?